Razlike između pojedinih ilirskih plemena najuočljivije su upravo u njihovoj duhovnoj kulturi, što ne čudi jer žive u različitim društveno-političkim prilikama, klimatskim podnebljima te u blizini različitih susjednih kultura koje na različite načine utječu na Ilire. Oni nisu nikada imali jednu, u duhovnom pogledu, konzistentnu i zrelu kulturu, kao što su to bile keltska, skitska ili etrurska. Jednako kao što su bili nejedinstveni u različitim područjima kulture (npr. u plesu, glazbi, jeziku, itd.), šarolikost koja vlada na religioznom polju govori o duhovnom nejedinstvu Ilira. Ta nejedinstvenost u duhovnoj, kao i u materijalnoj, kulturi te politička nejedinstvenost stvarale su pomutnju kod pisaca koji su pisali o njima već u antici, kao i kod suvremenih pisaca koji nisu mogli povezati u cjelinu sva plemena koja su se smatrala ilirskima.
Nemogućnost Ilira da stvore jednu veliku panilirsku političku organizaciju umnogome je umanjila priliku da su u ilirskih plemena stvori pripadnost jednome nadplemenskom nacionalnom biću, da se formira jedinstveni panteon koji bi stvorio barem iluziju o zajedničkoj sudbini svih Ilira. Iz znanoga se može iščitati da si Iliri više zajedničkog u religiji imali u doba starijega željeznog doba, nego li kasnije pri stvaranju manjih političkih entiteta koji su doveli do duhovne razjedinjenosti koja ranije nije bila toliko izražena. Kasniji utjecaji uključuju grčke polise, ali i Rima, što je izravna posljedica pada pod Rimsko Carstvo.
Sve do Rimske okupacije, najbrojniji ostaci Ilirske religije su oni koji se odnose na posebno područje religijskih i magijskih vjerovanja – na religioznu simboliku. Sistematiziranjem simbola pronađenih na područjima gdje su živjeli Iliri povjesničari su došli do spoznaje da je pri formiranju ilirskih vjerovanja sudjelovalo nekoliko važnih kulturno- etničkih komplekasa. Ponajprije, Iliri su, kao i mnoge druge neoenolitičke populacije, štovali kult Velike Majke, odnosno kult plodnosti. Simboli toga kulta su govedo, odnosno bik koji je bio personifikacija regenerativnih sila u prirodi, jarac koji se žrtvovao bogovima da bi se osigurala plodnost zemlje i stoke te sjekira kao simbol Velike Majke. Odlučujući zaokret u repertoaru simbola događa se dolaskom Indoeuropljana, dok su kasniji prodori stepskih plemena, dolazak Kelta te utjecaji helenskoga svijeta i Italije u vrijeme željeznoga doba nizom novih značajnih simbola tek obogatili postojeći repertoar, pritom ga ne mijenjajući. Iliri će s vremenom prihvatiti mnoge religiozne simbole okupatora, ali i istovremeno ljubomorno čuvati vlastite pa će tako mnogi ilirski simboli u vjerovanjima kasnijih naroda nadživjeti i samo Rimsko carstvo.
Zahvaljujući usporedbama što se pojavljuju u okolnim civilizacijama, povjesničari su dešifrirali pojedine simbole i smjestili ih unutar ilirskoga simboličkog sustava. Analiza mnogobrojnih simbola iz ilirskih nekropola i naselja dovodi do zaključka da je glavni objekt kulta Ilira u prapovijesno doba bilo Sunce. O velikoj raširenosti toga kulta svjedoče mnogi simboli pronađeni na raznim predmetima: koncentrični krugovi, svastika, spiralni ornament, privjesci u obliku konja, likovi u obliku zmija, ptica selica, itd. Svaki simbol otkriva neku od pojedinosti vrlo kompleksnoga solarnog kulta kod Ilira. Svastika simbolizira Sunce u pokretu, Sunčeva lađa, čest je prikaz kod Liburna, nosi Sunčev disk po nebeskom svodu; zmija je simbol plodnosti, čuvarica kućnog ognjišta, a mnogim je elementima povezana sa solarnim kultom; jelen je, kao žrtvena životinja, simbol Sunca, a javlja se i konj koji vuče kolica. Ovo posljednje nas podsjeća na konje koji vuku Faetonova kola po nebeskom svodu. Kult Sunca je najizraženiji bio u sjevernim ilirskim krajevima, dok je u južnim krajevima dominirao kult zmije koja, kao životinja – totem ilirskoga roda, ima središnju ulogu u mitološkome i religijskome sustavu južnih Ilira. I sam je naziv Ilira povezan sa zmijom.
Naime, prema starogrčkoj legendi koju je zapisao Apolodor, Illyrios, rodonačelnik ilirskog roda, sin je Feničanina Kadma i njegove žene Harmonije. Po nalogu svoga oca Agenora, kralja Feničana, Kadmo je morao poći u potragu za svojom sestrom Europom koju je zgrabio Zeus. Nakon mnogih lutanja, ne usudiši se vratiti kući neobavljena posla, zaustavio se u Beociji u Grčkoj i osnovao grad Tebu. Oženivši se Harmonijom, kćerkom boga rata Aresa i boginje Afrodite, ode Kadmo, po nalogu proročišta, među ilirske Enhelejce i postade njihov kralj. Tu mu se rodi sin Illyrios po kojemu su Iliri dobili ime. U starosti su se Kadmo i Harmonija pretvorili u zmije i u tom obliku nastavili živjeti na Elizejskim poljanama – kratak je to sadržaj legende koja u grčku mitologiju uvodi i Ilire. U legendi o Kadmu piše i da je Illyriosa po rođenju obavila zmija i tako mu prenijela svoje magične moći.
Mnogi su filolozi također nastojali dokazati povezanost imena Ilira sa zmijom. Prvi je to učinio O. Grrupe, da bi Slovenac Karel Oštir kasnije pronašao poveznicu, i to kod indoeuropskih Hetita, u nazivu Illurjanke, velike mitske zmije. Prikaz zmije se može vidjeti na raznim narukvicama, ogrlicama, fibulama, itd. Takvi su prikazi već od 5. st. pr. Kr. osobito česti u Makedoniji, Bosni i Hercegovini, Crnoj Gori, Albaniji. Zmija se pojavljuje kao čuvarica kućnog ognjišta, čuvarica groba, simbol plodnosti, htoničko božanstvo, apotropejska životinja, totem, demon voda, itd. Kao simbol južnih Ilira, zmija će odolijevati nedaćama koje će zadesiti Ilire zadesiti te, zajedno s njima, nadživjeti nekoliko stoljeća dug proces romanizacije, kao i mnoge povijesne i kulturne promjene. Kršćanstvo će pokušati iskorijeniti taj ilirski simbol, ali to mu nikada neće uspjeti u potpunosti. Pojava kulta zmije samo u južnim krajevima navodi nas da razlikujemo dva jasno definirana religiozna kompleksa –južni kompleks kulta zmije s raznovrsnim manifestacijama te sjeverni kompleks kulta Sunca. Veliku skupinu čine simboli koji govore o praznovjerju Ilira. Oni su, naime, kao amulete oko vrata vješali mnoge predmete a sreću, kao i predmete slična djelovanja. Zadaća amuleta bila je štititi vlasnika od neprijatelja, zlog pogleda, i sl.
Spomenuti amuleti i simboli nisu bili dovoljni da čovjeka zaštite od raznih opasnosti, a zasigurno nisu nudili ni odgovore na mnoga pitanja koja su se odnosila na opstojnost i smisao života. To je bila zadaća moćnijih zaštitnika – antropomorfnih bogova koji su mogli razumjeti probleme Ilira i kojima su se mogli moliti te obraćati za pomoć.
O Ilirskim bogovima znamo tek ono što su nam oni sami ostavili nakon što su pali pod Rimsku vlast, iz vremena kada su, po uzoru na Rimljane, svojim bogovima podizali spomenike na kojima se po prvi puta pojavljuju originalna imena ilirskih bogova. Iliri će i pod Rimljanima nastaviti sa štovanjem vlastitih bogova, a prihvatit će i one rimske bogove koji su po svojim atributima slični ili jednaki njihovima. Tako se u natpisima često mogu pročitati imena ilirskih bogova s imenima odgovarajućih rimskih bogova. Nerijetko će rimsko ime potpuno istisnuti ilirsko, no pažljiva analiza natpisa i ikonografskih prikaza tih božanstava pokazuje da se pod rimskim imenom krije ilirsko božanstvo koje, osim imena, nema ništa rimskoga u sebi.
Prva stvar koja se uočava pri razmatranju iliskih božanstva jest činjenica da se pojedina imena pojavljuju samo u određenom prostoru. Tako se, na primjer, u Istri pojavljuje niz imena božanstava koja nećemo susresti na drugim prostorima: božica Fia, Melesocus, Boria, Iria, i drugi. Već na teritoriju Liburna pronalazimo druga imena pa tako i Anzoticu koja se podudara s rimskom božicom Venerom, Icu kojoj je, u blizini izvora koji se i danas po njoj zove Ika, podignut spomenik u Flanoni (Plomin), Iutossicu, Latru, Sentonu, itd. Na području Japoda najznačajnije je božanstvo bio Bindus, čije je svetište otkriveno kod rječice Privilice kod Bihaća. U natpisima ga se oslovljava kao zaštitnika izvora i voda, po čemu bi bio najbliži Neptunu, rimskome bogu mora i izvora. Zaštitnik izvora bio je i ilirski bog Vidsus koji se u natpisima spominje s pratiljom Thanom. U blizini Topuskog otkrivene su četiri zavjetne are posvećene upravo njima. U Topuskom su otkriveni i ostaci hrama Silvanu, rimskome bogu šuma. Po atributima, Vidasus i Silvan jednaki su bogovi. Sukladno tome, Thana bi mogla biti izjednačena s rimskom Dianom koja je boginja lova, divljači i prirode. Pretpostavlja se da je ovaj božanski par u ilirskoj hijerarhiji bogova imao vrlo važno, a možda i najvažnie, mjesto, a možda i najvažnije u ilirskoj hiararhiji bogova. Na njihovu važnost upućuju i brojni spomenici, posebno na području Dalmata, podignuti u čast Silvanu, Diani i njenih nimfa. Na slikama i Silvan i Vidasus imaju siringu, vrlo rasprostranjen instrument sastavljen od pet, šest ili sedam cijevi.
Kako su Iliri voljeli uživati u alkoholu, imali su i boga vina koji je atributima sličan grčkom bogu Dionisu. Leksikograf Hezikije spominje boga Dualosa koji se veže uz vino i pijanstvo, a kojega nalazimo kod Peonaca, dok ga je suvremena filologija povezala s albanskom riječi „dej“ (pijan) i gotskom „dwals“ (luđak). Ove dvije riječi nastele su iz istoga korijena kao i ime Dualos.
Natpisi u Bosni i Hercegovini spominju i nekoliko domaćih božanstava, no nekima od njih ne znamo ni imena jer su sačuvana samo rimska nazivlja. Jedan je od njih i Armatus, božanstvo koje ne postoji u Rimskom panteonu, i koje je, ako je suditi po pronađenim žrtvenicima, najvjerojatnije bio lokalni bog rata. Slično je i s Liberom koji je vrlo sličan Silvanu ili Terminusom koji je, kako mu i samo ime kaže, najvjerojatnije bio zaštitnikom međa. Na žrtveniku iz Ilidže kraj Sarajeva možemo iščitati ime boga Tadenusa koji je bio identificiran s rimskim bogom Apolonom. Natpis potječe iz 3. stoljeća poslije Krista te se smatra da on nije ilirskoga, već tračkoga podrijetla jer u to doba na tlu Ilira susrećemo mnoštvo rimskih, orijentalnih i drugih bogova.
Od ilirskih bogova treba spomenuti i Medarusa koji na ilirskome tlu i nije ostavio nekog traga. No, njegovo je postojanje nam posvjedočeno u Lambesiju, u Numidiji – u tamošnjem je hramu, naime, jedan Ilir u sklopu Rimske vojske, podigao dva natpisa o njemu. Stručnjaci koji su pokušali rekonstruirati lik Medarusa i njegove atribute pošli su od pretpostavke da su natpisi podignuti u hramu boga Eskulapa (vrlo poštovanoga u Iliriku) i od etimologije samog imena Medarus. Zaključak je dvojak: dok jedni smatraju da se radi o bogu liječništva, drugi su skloniji teoriji da je Medarus bog rata, što potkrepljuju opisom što ga nalazimo u natpisu.
Treba spomenuti i bogove Dracona i Draccena koji predstavljaju ostatke staroga kulta zmija. Natpis je otkriven u mjestu Sopot blizu Titovog Velesa. tj. na području na kojemu je u prapovijesno doba kult zmija bio vrlo jak. U ovim natpisima nije teško uočiti domaći božanski zmijski par.
Natpisi iz rimskoga doba donose još niz drugih ilirskih bogova -nekima od njih znamo tek ime, dok se o drugima mogu skupiti neznatne informacije identifikacijom sa srodnim rimskim bogovima, što nikako nije dostatno za utvrditi predstavlja li određeni bog ostatak iz predrimskoga razdoblja. Teže je ustanoviti što je u ilirskim božanstvima, koje pokušavamo rekonstruirati po atributima iz rimskoga doba, izvorno ilirsko, a što je njihovom izvornom identitetu dodala višestoljetna romanizacija -niti su antički pisci mnogo pisali o vjerovanjima Ilira, niti su Iliri imali pismo koje bi nam omogućilo više saznanjai o njihovim vjerovanjima, mitovima i legendama. Ilirska će nam mitologija vjerojatno zauvijek ostati nepoznanicom.
